本校在民國84年6月以前是公務預算時期，納入國庫統收統支系統，經費運用嚴格且限制很多，年度結餘全數解繳國庫。

84年7月至92年為校務基金前期，編製附屬單位預算，為一獨立之財務個體，財務收支及其運用較有彈性，受到的限制相對較小，但仍受相關法令限制，各項結餘款無需繳庫，存入校務基金永續運用。

93年起迄今為校務基金運作穩定期，90年12月校務基金設置條例修正，捐贈、場地設備、投資收益、建教合作、推廣教育等5項自籌收入不受預算法等限制，進一步放寬其應用之自主性。配合鬆綁的相關規定，包括：人員待遇－特聘加給給與、新聘教師教學研究額外加給、講座設置－講座設置辦法、特聘研究講座設置辦法、教學研究獎勵－教學優良教師遴選與獎勵辦法等項目。93年8月教育部修正管監辦法，規範各校應訂定收支管理規定，報部核備後據以執行，運作迄今尚稱順利。

近幾年補助款占總收入的比例，逐年遞減，自籌比例則逐年增加，又依「國立大學校院校務基金之設置條例」第八條規定，各校校務基金預算之編製，應審酌基金之財務及預估收支情形，並以維持基金收支平衡或有賸餘為原則。本室在衡酌本校教學基本需求及自籌收入預計結餘等狀況，並兼顧整體營運與各學院發展需要，與公平合理原則，控管督促各單位依預算進度執行，完成年度目標。

101年5月，檢調偵辦大專院校教授涉嫌挪用國科會補助款弊案，經各大報章媒體披露，喧騰一時。有鑑於各界反映研究計畫經費使用規定缺乏彈性，不符實際情形，影響研究環境健全發展及研究人員士氣，為積極回應社會期待並尋求合法及合理的解決辦法，教育部會計處針對大學校院教師研究經費核銷問題提出分析檢討，並針對制度面核銷問題、內部管理機制研議改進方案，期間陸續邀集各大專院校教師、主計等相關人員參與，並與國科會共商。

在不大幅影響一般公務預算執行規範下，研擬賦予計畫中部分款項彈性支用之規範，已同意放寬計畫經費總額2%，且不超過新台幣2萬5千元限額內，案經行政院101年10月8日院臺科字第1010058107號函同意在案。

本校亦依行政院所函頒施行之「健全內部控制實施方案」成立內部控制小組，由主任秘書擔任召集人，幕僚單位為秘書室，成員包括教務處、學務處、總務處、研發處、國際處、財務處、圖書室、計資中心、環安衛中心、出版中心、主計室、人事室等13個一級單位，各單位依據「政府內部稽核應行注意事項」，實施內部稽核工作，檢查及覆核內部控制制度之缺失，衡量營運之效果及效率，並適時提供改進建議。

為加強研究助理與教授對研究經費核銷之法治觀念，主計室每年定期舉辦多場研究計畫經費核銷說明會，2013年特邀請主任檢查官蒞校擔任「動支公款應有的法治觀念研習會」主講人、本室主任擔任「內部控制與稽核實務研習會」主講人，藉以教導並傳達教職員生知悉內部控制流程之重要性、經費合法使用範圍及正確支領流程。

此外，為加強會計同仁對法令規定之瞭解，不定期舉辦教育訓練，將內部審核理念與實務納入課程，使同仁在兼顧適法性與合理性原則下，協助教師妥適執行計畫經費。

臺大為學術界牛耳，自當遵循主管機關政策，本室配合各業務主政單位於有限資源下作最適當配置，於法規層面持續研究以求法制與實務謀合，向本校發展國際一流大學總體目標邁進。

關於主計室：

本校主計室設有六組，主要的業務為概預算之籌編、實施計畫及收支估計表之編製、校內預算之分配、預算之控管執行及審核、收支併列（補助、委辦、推廣教育、捐贈）計畫之執行及審核、健全財務秩序及強化內部控制之查核、傳票之編製、月報及決算之編造等。