在世界已知的三千餘種礦物之中，北投石是唯一以臺灣地名命名的礦物。它的發現可以溯源至日治時期（1905年），礦物學研究家岡本要八郎先生於北投溪採集礦石，意外發現具有放射性的未知礦物。在1912年11月20日，於蘇俄召開的國際礦物會議中，這種新發現的礦物正式以「北投石Hokutolite」（北投日語為Hokuto）為名發表，讓北投的名字，也留在世界礦物學術界上。

北投石是一種經由溫泉沉澱結晶的礦物，主要化學成分為硫酸鋇和硫酸鉛，是重晶石和硫酸鉛的固溶體，含有微量的放射性元素鐳〈Ra〉、鉍〈Bi〉等，外觀呈現菱形的六面體結晶，屬於斜方晶系，顏色通常為乳白色或黃褐色，硬度3.5、比重6.1，有些微的光澤。

這種礦物在臺灣主要見於北投溪，距北投地熱谷口以下1百公尺至3、4百公尺間的一段河床，溪底佈滿安山岩或砂岩的礫石。由地熱谷冒出的泉水流入北投溪，在河床或兩岸的礫石表面上或縫隙間，膠結了一層層主要成分為黃鉀鐵礬的黃色皮殼物質，一顆顆乳白色的北投石小晶體就生成在這皮殼之上。

北投石在世界上的產量極少，除了臺灣的北投外，僅在日北秋田縣的溫泉中及智利曾經發現過，可以說是一種相當稀少珍貴的礦物。但由於產地北投溪的過度人為開發，溪水遭受汙染，溫泉的水量與濃度已有大幅改變，新的北投石已很難生成。而原本在河兩岸的北投石，又因為過去的疏浚河道工程，絕大多數被破壞殆盡了，如本館藏中結晶良好的標本已難以見到。有鑑於此，當地文史工作室等團體集合居民發起保護北投溪，復育北投石的一連串活動；在眾人的努力下，行政院於2000年指定北投石為「自然文化景觀」，成為臺灣第一宗納入保存指定的礦物，希望有朝一日新的北投石結晶再度現蹤於北投溪中。