1928 年帝大文政學部成立時，由村上直次郎（1868-1966）教授任史學科「南洋史學」講座教授，教授特別擅長16、17世紀臺灣史，包括新港文書之命名，臺灣總督府史料之編纂，荷西時期臺灣史《史料雜纂》第一卷1冊、《柯爾尼里斯•賴耶魚仙司令官日記》1冊，均由村上教授負責翻譯、編輯。學生中村孝志（1910-1994）畢業論文是《在臺灣西荷兩國人的教化事業》。由此看出帝大時期的「南洋史學」教室之臺灣史的研究教學已跨越中國古籍承襲下來的方向。

曹永和（1920-2014）院士，1947年進入臺大圖書館工作，直到1985年退休。在圖書館工作期間，協助臺銀出版《臺灣文獻叢刊》；1965年往日本東洋文庫接受岩生成一教授指導一年；1973年赴香港中文大學參與「越南中文資料國際研究計畫」一年 9 個月；1978年前往荷蘭參加萊頓大學的《熱蘭遮城日記》編校計畫 10 個月。

1990年曹院士提出「臺灣島史」概念，即應該將臺灣島作為研究主體，才能夠架構出結構性、總體性和全球性的臺灣史觀。希望臺灣史研究跳脫出泛政治的解釋模式，並有助於海洋文化基礎工作的建構。之後，臺大歷史系師生在曹永和協助下，完成幾個與臺灣島史概念的計畫。1999年他捐錢成立「曹永和文教基金會」以補助研究「臺灣史」、「東亞海洋史」為主要方向。他培育了多位優秀碩博士生，如林偉盛、李文良、陳翠蓮、張隆志等，使臺灣大學歷史系成為國際臺灣史研究重鎮。

曹永和及其培育之學生等人著有《島史的求索》，回顧臺灣島1990年代以來的研究成果（圖片來源：臺大出版中心）